鉴于发光水平较低，物镜在显微镜中的作用至关重要，因为它是从样品中收集光的物镜功能。物镜接受的光锥角度由物镜的数值孔径决定。在透射光荧光显微镜中，到达眼睛或其他探测器的光强度直接变化为物镜和聚光器的数值孔径的平方与总放大倍数的平方成反比。

　　高能荧光显微镜的规则是保持光学元件*没有灰尘，污垢，油，溶剂和任何其他污染物，显微镜应保存在低振动无烟室内，尽可能清洁并且对循环空气的干扰小。不使用时，请在显微镜上使用防尘罩，并将所有配件放在不透气的容器中，避免使用腐蚀性溶剂清洁显微镜的任何部分，并仅使用稀释的肥皂水清洁非光学表面。

　　高能荧光显微镜切勿以高压力（包括镜头纸）在镜头表面上拖动任何物体，以避免在表面上引入非常细小的划痕，使用专为光学表面设计的溶剂清洁镜头，或在紧急情况下使用无水乙醇清洁镜头。避免使用其他溶剂，因为它们可能会与玻璃上的光学涂层反应。在用溶剂清洁之前，用压缩气体对镜头表面进行除尘，以去除松散的颗粒，用镜头纸擦去多余的溶剂，让镜头*干燥，重复此过程。